A palavra "presépio" vem do latim e significa estábulo, manjedoura. São Francisco de Assis iniciou a tradição em 1223, nas redondezas de Greccio, Itália. Seu objetivo era de celebrar o natal da maneira mais realista possível.
Com a autorização do Papa, São Francisco monta um presépio de palha utilizando uma imagem do Menino Jesus, um boi e um jumento vivos perto dela. O sucesso foi tanto que a ideia rapidamente se estendeu por toda a Itália sendo introduzida nas casas dos nobres e mais pobres.
Outras cerimônias já haviam se referido à cena do nascimento do Menino Jesus. Em Roma, na basílica de Santa Maria Maggiore, durante a Idade Média (século VIII), o papa costumava celebrar a missa de Natal com uma manjedoura cheia de palha sobre o altar. E, no século XI, representava-se em muitas igrejas europeias, o officium pastorum: uma imagem do Menino Jesus era colocada atrás do altar onde se celebrava a missa de Natal e cinco cantores, desempenhando o papel de pastores, perguntavam ao sacerdote onde estava o Salvador recém-nascido; a imagem era então trazida por eles para a frente do altar e, ao som de cânticos e hinos, todos se ajoelhavam. (fonte: Símbolos do Natal, Ed. Paulinas, 2006)